Madrasah Aliyah Al Kautsar Banjar membuka program sesuai dengan peminatan para peserta didik  berdasarkan disiplin ilmu sebagai berikut:

1.    Matematika dan Ilmu Alam (MIA)

Adalah sebuah program studi Madarasah Aliyah yang diarahkan untuk mengembangkan kemampuan peserta didik dalam bidang ilmu-ilmu eksakta seperti: Matematika, Fisika, Kimia, dan Biologi yang berbasis nilai-nilai keislaman, sehingga target dari program ini adalah melahirkan alumnus yang dapat melanjutkan ke perguruan tinggi negeri dan swasta namun tetap mampu berperan dalam pemberdayaan masyarakat pada bidang eksakta.

2.    Ilmu Ilmu Sosial (IIS)

Adalah sebuah program studi Madarasah Aliyah yang difokuskan untuk mengembangkan kemampuan peserta didik dalam menguasai disiplin ilmu-ilmu sosial kemasyarakatan seperti ekonomi, sosiologi, geografi dan sejarah, yang berbasis nilai-nilai keislaman, sehingga target dari program ini adalah melahirkan alumnus yang dapat melanjutkan ke perguruan tinggi negeri dan swasta namun tetap mampu berperan dalam pemberdayaan masyarakat sosial, ekonomi dan politik serta budaya.

3.    Madrasah Aliyah Program Keagamaan (MAPK)

Adalah sebuah program studi Madrasah Aliyah yang diorientasikan untuk meghasilkan lulusan-lulusan yang memiliki kompetensi khususnya dalam bidang disiplin ilmu Agama Islam, seperti : al-Qur’an, Ulm al-Qur’an , Hadits, Ulum al-Hadits, Fiqh, Ushul Fiqh, Tashawwuf, Teologi Islam dan bahasa Arab. Dengan target lulusan bisa melanjutkan ke Perguruan Tinggi Negeri atau swasta di dalam maupun luar negeri serta mampu berperan dalam pemberdayaan masyarakat.